Transcriptome

Activité

Analyse pangénome, fine ou ciblée de l’expression des gènes, de leur régulation et de la structure de l’ADN, à partir d’ARN, d’ADN ou directement de la cellule sur puces très haute densité Affymetrix et système Fluidigm.

Compétences

  • Classification et Identification fine de marqueurs pronostiques pour le myélome multiple et les leucémies aiguës et identification des petits ARNs régulateurs.
  • Recherche d’altérations structurales de génomes.
  • Analyse de variants parmi les 231 gènes intervenant lors du métabolisme et du transport des drogues.
  • Analyses Single Cell

Offre

Analyse de la qualité des ARNs totaux sur BioAnalyzer
Biopuces Affymetrix pangénomiques – miRNA v4 - Transcriptome

  • Simple amplification à partir de 100ng d’ARN total & Hybridation
  • Double amplification à partir de  10ng d’ARN total & Hybridation
  • Amplification du très petit échantillon à partir de 600pg d’ARN total ou à partir de quelques cellules & Hybridation (Arcturus ou NuGen)
  • Marquage des miRNA & Hybridation

Biopuces Affymetrix - Cytogénétique

  • Amplification Cytoscan HD ou SNP6 & Hybridation
  • Amplification OncoScan pour échantillons FFPE & Hybridation
  • Amplification 48 échantillons en 3 jours pour puces DMET & Hybridation 

Prestation Single cell Fluidigm

  • ré amplification et amplification des transcrits à partir d’une cellules
  • PCR 96 X 96 (cellule unique) 

Analyse bioinformatique

  • Analyse comparative par paire d’échantillons (GCOS – excell)
  • Analyse de groupes d’échantillons (excell - SAM – R) 

Equipements

  • Station Nanodrop | Thermo Scientific
  • Bioanalyseur | Agilent Technologies 
  • Station GeneChip™  | Affymetrix
  • Station GenATLAS
  • QIAcube™  | QUIAGEN
  • C1™  System | Fluidigm Corporation
  • BioMark™ HD System | Fluidigm Corporation

Accès plateforme

CONDITIONS:

A préciser.

ADRESSE:

Centre Hospitalier Régional Universitaire de Montpellier
Institut de Médecine Régénérative et  Biothérapies (IRMB)
Hôpital Saint-Eloi 
80, av. Augustin Fliche 
34295 Montpellier Cedex 5

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