L'UTEP est rattachée au Pôle Santé Publique et Ecologie de la Santé (SPES).
Elle entretient des liens administratifs et fonctionnels au sein du pôle et avec les différentes directions du CHU (Qualité, finances, DCGS, communication, formation, informatique …).
A l'extérieur du CHU, des liens sont assurés avec l'ARS (service ETP), la Faculté de Médecine Montpellier-Nîmes, le COPS (Centre Opérationnel du Partenariat en Santé), l'association Savoirs Patients …
Des liens spécifiques se sont développés entre les 3 UTEP généralistes de l'Occitanie (Toulouse, Montpellier et Nîmes).
Il en est de même avec les 3 UTEP de spécialités qui sont déployées sur les thèmes de la transition ado-adulte, de l'obésité et de l'insuffisance rénale en Occitanie Est et Ouest.