Transcriptome

Activité

La plateforme Transcriptome est une plateforme technologique de pointe localisée à l’IRMB (CHU St-Eloi de Montpellier) ouverte à l’ensemble de la communauté scientifique académique, industrielle et hospitalière.

Elle est spécialisée dans l’étude du génome et du transcriptome et offre différents types de prestations issues des dernières technologies en génomique comme le séquençage haut débit (NGS Illumina), l’hybridation sur puces à ADN très haute densité (Affymetrix), la PCR haut débit (Fluidigm) et le Single Cell (Fluidigm ou 10X Genomics).

Compétences

• Analyse pangénome, fine ou ciblée de l’expression des gènes, de leur régulation et de la structure de l’ADN, à partir d’ARN total, d’ADN génomique ou à partir d’une cellule unique.
• Classification et Identification fine de marqueurs pronostiques pour le myélome multiple et les leucémies aigues. Identification des petits ARNs régulateurs.
• Recherche d’altérations structurales de génomes, identification de variants génomiques.
• Recherche de variants parmi les 231 gènes intervenant lors du métabolisme et du transport des drogues.
• Analyse Single Cell par séquençage haut débit ou par PCR haut débit.

Offre

Séquençage sur NextSeq 550 d’Illumina avec ou sans préparation de librairies

mRNASeq - Total RNASeq – SmallRNA

Whole Exome – Exome ciblé – Panel –

Single Cell avec 10X Genomics

Biopuces Affymetrix pangénomiques – transcriptome - miRNA v4 (à partir d’ARN total)

• Préparation des librairies avec amplification en whole transcrit (WT) ou en 3’IVT et hybridation sur puces.
• Préparation de librairies avec amplification du très petit échantillon à partir de 100pg d’ARN total ou à partir d’ARN dégradé et hybridation sur puces.
• Marquage des miRNA & Hybridation

Biopuces Affymetrix – Cytogénétique (à partir d’ADN génomique)

• Amplification type Cytoscan HD ou SNP6 & Hybridation
• Amplification type OncoScan pour échantillons FFPE & Hybridation
• Amplification type DMET (Drugs Metabolism & Transport) & Hybridation 

PCR haut débit sur système Fluidigm BioMark HD

• PCR haut débit en Single Cell avec système C1 de Fluidigm.

Qualité des Acides Nucléiques

• Analyse de la qualité des ARNs totaux par électrophorèse capilllaire sur BioAnalyzer 2100 d’Agilent ou sur le Fragment Analyzer Qsep1 de BioOptic.
• Analyse de l’ADN génomique par migration sur Flashgel (Lonza)

Concentration des Acides Nucléiques

• Mesure de la concentration des ARNs totaux sur spectrophotomètre Nanodrop One.
• Mesure de très faibles concentrations d’ARN total : 1 pg/µL sur spectrofluoromètre QFX de DeNovix.

Analyse des données d’hybridation ou de séquençage

• Conseils pour l’analyse bio-informatique. Formation à certains outils d’analyse.

Equipements

• Station Nanodrop | Thermo Scientific
• Bioanalyseur | Agilent Technologies 
• Station GeneChip™  | Affymetrix
• Station GenATLAS
• QIAcube™  | QUIAGEN
• C1™  System | Fluidigm Corporation
• BioMark™ HD System | Fluidigm Corporation

Accès plateforme

ADRESSE:

Centre Hospitalier Régional Universitaire de Montpellier
Institut de Médecine Régénérative et  Biothérapies (IRMB)
Hôpital Saint-Eloi 
80, av. Augustin Fliche 
34295 Montpellier Cedex 5